虽然鳄鱼是食物链顶端的猎食者,但是正所谓“人外有人,天外有天”,比鳄鱼厉害的野生动物也是存在的,而且它们也会捕猎鳄鱼。
比如美洲豹和苏门答腊虎两种猫科动物,由于其栖息地中有鳄鱼的存在,而且它们的食谱中鳄鱼都是主要的食物,符合天敌的定义。所以,美洲豹和苏门答腊虎是鳄鱼的天敌。但是鳄鱼的种类有很多,像大型的湾鳄、尼罗鳄等,它们是没有天敌的。所以,天敌实际上也是相对的。
另外与鳄鱼为敌的有老鹰、雕、老虎、狮子、蟒(蛇)、河马(不惹它不要紧)、食人鱼(食人鱼会从鳄鱼腹部下手)、大象、犀牛。这些都可以称为鳄鱼的克星。